Siegfried Cremer war auch als Sammler außerordentlich aktiv. Der in Krefeld um 1957 begonnene Aufbau einer umfangreichen Kunstsammlung der europäischen Avantgarde der 1950er und 1960er Jahre mit Zero, Kinetik, Nouveau réalisme, Fluxus, Pop Art und konkreter Poesie ist 1974 endgültig abgeschlossen. Ein Teil der Sammlung befindet sich heute als Stiftung Sammlung Cremer im Westfälischen Landesmuseum Münster, ein anderer Teil im Besitz des Museums am Ostwall im Dortmunder U in Dortmund. In Düsseldorf baut Cremer ab Ende 1989 eine Sammlung von Nomaden-Teppichen auf, die 1993 abgeschlossen ist.
Ab Mitte der 1990er Jahre entsteht eine Sammlung von Vasen für einzelne Blumen aus Gebrauchsglas, die als Schenkung an das Westfälische Landesmuseum für Industriekultur Glashütte Gernheim in Petershagen geht. Die danach begonnenen Sammlungen von Kerzenleuchtern und Kreuzen blieben unvollendet.